Durante los años siguiente se realizaron viajes para la explotación de los recursos naturales que las costas patagonas ofrecían. En 1783 (se renovó la licencia en el año siguiente) se le concedió licencia a Francisco Medina para la pesca de ballenas y la extracción de sal, poniendo a su disposición los medios necesarios, incluso la presencia de soldados, autorizándole a abastecer a las fragatas comerciales; en 1787 se otorgaron autorizaciones a comerciantes como Jaime Alsina y Verjés, José Antonio Capdevila y otros. Pero no se llevaron a cabo más expediciones para establecer nuevos asentamientos.

En 1786 en el viajes de reconocimiento de la zona realizado por el segundo piloto Bernardo Tafor durante el servicio a las Islas Malvinas, encontró varias embarcaciones españolas e inglesas dedicadas a la caza de ballenas y de lobos marinos, interceptó una de estas últimas e informó a las autoridades sobre la posibilidad de que hubiera asentamientos extranjeros en la costa.

Las nuevas expediciones fueron geoestratégicas: el capitán de navío Antonio de Córdova y Lasso de la Vega cartografió el Estrecho de Magallanes en los años 1786 y 1789 y Ramón de Clairac inspeccionó en 1789 la costa patagona en búsqueda de asentamiento extranjeros.

Los marinos que habían cruzado del Océano Atlántico al Pacífico discrepaban en cuál era la mejor ruta para lograrlo, para unos era mejor el paso por el Estrecho de Magallanes y para otros cruzar por el Cabo de Hornos. Cada uno de los itinerarios tenía sus ventajas y sus inconvenientes, y era de sumo interés para España tener un claro conocimiento de cuál era la mejor alternativa. Además, era necesario contar con una cartografía moderna de la vía elegida y entrenar a sus marinos en el uso de los modernos instrumentos de navegación, lo que decidió al rey Carlos III a ordenar la realización de una expedición para cartografiar el Estrecho de Magallanes.

El encargado de organizarla fue el brigadier Vicente Tofiño, comandante naval de Cádiz, matemático y cartógrafo de prestigio internacional, que había llevado a cabo la cartografía de las costas españolas en su Atlas Marítimo de España.

El objetivo primordial de la expedición era levantar cartas precisas del estrecho, además de reafirmar la soberanía españolas en un área muy frecuentada por los ingleses y probar los instrumentos, procedimientos y métodos de observación astronómica que habían sido usados y definidos por Tofiño durante sus trabajos en la costa española.

Para mandar la expedición se nombró al sevillano, capitán de navío Antonio de Córdova y Lasso de la Vega, hombre experimentado, probado en combate, con sobrados conocimientos de hidrografía, cosmología y cartografía. Se le proporcionó los mejores y más modernos instrumentos del momento y toda la bibliografía más completa que pudo encontrar de los viajeros que, anteriormente, había cruzado por el estrecho.

Córdoba realizó dos viajes: el primero en los años 1785-1786 y el segundo en 1788-1789. En el primero exploró la parte oriental del estrecho, no pudo terminar su exploración completa por causas meteorológicas; con el segundo completó la parte occidental.

En el primer viaje el buque elegido fue fragata Santa María de la Cabeza. Estaba armada con 36 cañones y contaba con una tripulación de 277 hombres, de ellos 21 eran oficiales, entre ellos: el segundo al mando era capitán de fragata Fernando de Miera; los tenientes de fragata Dionisio Alcalá Galiano y Alejandro Belmonte, ambos expertos en astronomía e instrumentos y responsables del uso de estos; el piloto Joaquín Camacho responsable de confeccionar los planos de los puertos, bahías y ensenadas exploradas con ayuda del segundo piloto Antonio Castellanos.

Zarparon de Cádiz el día 9 de octubre de 1785 rumbo al cabo de las Vírgenes, punto de entrada al estrecho, adonde arribaron el 19 de diciembre.

Apoco de llegar vieron los grandes fuegos que indicaban la presencia de habitantes, presencia que fue confirmada, poco después, al presentarse en la playa unos indígenas montados a caballo con los que establecieron contactos. Algunos de ellos hablaban algunas palabras en español y uno de ellos se refirió al capitán Antonio de Viedma y al piloto Bernardo Tafor, lo que venía a indicar que habían tenido alguna clase de contactos con los asentamientos españoles en la costa.

Tres días más tarde entraron en el estrecho en una navegación lenta, con vientos y corrientes contrarias. Grandes dificultades que les obligaron, incluso, a tener que salir del estrecho. Después de más de ochenta días de exploración, de los cual treinta y nueve estuvieron retenidos en el puerto de San José, sin poder adentrase en el estrecho, debido a fuertes vientos contrarios, el capitán Córdova, considerando: cumplido el objetivo principal de la expedición, la proximidad el invierno en una región con un clima tan duro, la escasez de provisiones y los graves riesgos que para la fragata significaba navegar en un mar tan peligroso en invierno, decidió dar por finalizada la misión y regresar en ruta directa a España.

Durante la misión se había llegado a explorar hasta el cabo Lunes, ya en el canal de salida del estrecho, bastante más al oeste de la actual isla de Carlos III.

El día 18 de marzo, después de sufrir fuerte temporal y mareas en el estrecho, arribaron al cabo Vírgenes y pusieron rumbo a Cádiz. Sin mayores obstáculos se llegó a Cádiz el día 11 de junio de 1876, la expedición había durado 8 meses y dos días.

De los 277 hombres que salieron de Cádiz, regresaron 274, solo tres marineros murieron durante el viaje. Dieciocho tripulantes llegaron con escorbuto a puerto, de ellos el comandante y dos más enfermos de cuidado, el resto a penas tocados por el mal, todos se recuperaron pronto.

La duda sobre cuál era la mejor vía para pasar del océano Atlántico al Pacífico quedó resuelta por el informe que presentó el comandante de la expedición: Antonio de Córdoba recomendó rodear el Cabo de Hornos como vía más barata y rápida que cruzar el Estrecho de Magallanes.

Pese a las observaciones, cartas y conocimientos adquiridos por la expedición, la Administración española la consideró incompleta, por lo que se ordenó que se preparase otra expedición que completara el exploración del estrecho desde el cabo Lunes hasta el océano Pacífico.

Fue propuesto para dirigirla el mismo Antonio de Córdova, proposición que acepto pese a hallarse débil de salud.

Para esta misión se eligieron dos paquebotes, buques de menor calado, más ligeros y manejables que la fragata y, además, con revestimiento de cobre para evitar los efectos de la broma. Estos eran: Santa Casilda y Santa Eulalia. Ambos paquebotes fueron mandados respectivamente por el capitán de navío Antonio de Córdova y por el capitán de fragata Fernando de Miera, ambos habían sido los principales responsables de la expedición anterior.

Como oficiales científicos se embarcaron: en la Santa Casilda el teniente de navío Cosme Damián Churruca; y en la Santa Eulalia el teniente de fragata Ciriaco Cevallos Neto.

En las dotaciones se incluían oficiales con experiencia por haber participado en la misión anterior.

Zarparon de Cádiz el 5 de octubre de 1788 siguiendo la misma derrota del viaje anterior. El 19 de diciembre entraron en el estrecho por el lado oriental, por el cabo de las Vírgenes. En la primera angostura encalló la capitana, afortunadamente sin daños. El 7 de enero de 1789, entraron en el canal de San Jerónimo y empezaron su misión entre los cabos Lunes y Pilares. A finales de enero llegaron a la altura del cabo Pilares, no pudieron desembarcar, dieron fin a la misión e iniciaron el regreso a Cádiz el 13 de febrero de 1789.

Entraban en Cádiz el día 13 de mayo, después de poco más de siete meses de navegación y con solo tres bajas.

Joaquín de la Santa Cinta, Ingeniero aeronáutico, Economista e Historiador